Compianto sul Cristo Morto La Sala 4 contiene le opere del Signorelli e della sua scuola. Luca Signorelli, nato a Cortona circa il 1455 e qui morto nel 1523, è uno dei pittori più significativi del Rinascimento italiano. I suoi nudi anticipano Michelangelo mentre i suoi paesaggi riecheggiano le ritmiche composizioni del Perugino.

COMPIANTO SUL CRISTO MORTO. Nella staticità delle figure, viste in un momento di sospesa e bloccata drammaticità, sono forti i legami con le sacre manifestazioni popolari. Al nudo del Cristo è collegato il racconto del Vasari che ne fa il ritratto del figlio morto di peste nel 1502. Il quadro venne dipinto nel 1502 per l'altare maggiore della chiesa di Santa Margherita.

COMUNIONE DEGLI APOSTOLI. È un dipinto datato 1512 e va messo a confronto con il precedente per coglierne la diversa maturazione del Signorelli come uomo e come artista. In essa c'è uno sforzo per uscire dal modo tragico e crudo di dipingere raffigurato dal Giudizio di Orvieto e dal Compianto di Cortona per imitare i toni dolci e le architetture ariose e ricamate di Raffaello e della nuova scuola cinquecentesca che improntava allora tutta la pittura. Stupenda è la figura di Giuda che nasconde l'ostia nella nera borsa a tracolla e si volge verso l'esterno del dipinto, esprimendo con lo sguardo la consapevolezza dolorosa del suo tradimento. Venne dipinto per l'altare maggiore della chiesa del Gesù.

L'Assunzione della Vergine di Bartolomeo della Gatta Dopo quest’opera l'intervento del maestro sulle opere successivamente dipinte e qui collocate si fa sempre più raro. Il pittore comincia a risentire considerevolmente del diminuire della sua reputazione artistica ed inizia in lui una crisi oltre che della sua arte anche dell'uomo. La crisi condiziona tutta la sua ultima attività. Sopraffatto dal mutare dei modi della pittura dopo i grandi rinnovamenti artistici dell'inizio del cinquecento e della dominante figura di Raffaello, lascia in gran parte l'esecuzione delle opere, che continuano in gran numero ad essergli affidate, alla mano degli aiuti della sua bottega in Cortona, in particolare a quella del nipote Francesco, pur predominando nelle stesse con la sua personalità.

Dalla Sala 5, attraverso lo Scalone dove sono esposti i cartoni della via crucis del cortonese Gino Severini (1883-1966), si accede alla Sala 6 che è l'Oratorio della ex chiesa del Gesù con le pareti affrescate da Cristofano Gherardi scolaro del Vasari. Gli affreschi rappresentano dodici sacrifici biblici mentre i riquadri della volta rappresentano, al centro la Trasfigurazione, ai lati la discesa al limbo e la conversione di San Paolo. Nella Sala 7 sono da ammirarsi:

CALICE CASALI, stupendo pezzo di oreficeria senese del XIV secolo firmato da Michele di Tommè e proveniente dalla vecchia chiesa di Santa Margherita.

RELIQUIARIO VAGNUCCI. Opera di Giusto da Firenze orefice fiorentino del XV secolo, fu regalato al Capitolo della Cattedrale dal cortonese Iacopo Vagnucci (1415-1487) segretario del papa Niccolò V e vescovo di Perugia.

Nella Sala 8 è custodito il PARATO PASSERINI. Questo stupendo parato da cerimonia pontificale composto di tredici pezzi di broccato in velluto cremisi, venne ordinato ad una manifattura fiorentina tra il 1517 ed il 1526 dal cortonese cardinale Silvio Passerini (1470-1529). L'opera puo' dare l'idea di quale grado di perfezione tecnica ed artistica avessero raggiunto le manifatture fiorentine che confezionavano all'epoca tessuti per l'abbigliamento dei sovrani di tutte le corti europee, dei loro dignitari e dei loro palazzi. Il disegno del tessuto si ripete con tronchi d'albero che danno origine a delle maglie all'interno delle quali è posto il bue giacente dello stemma cardinalizio del Passerini e, nei punti di tangenza, l'anello con il diamante dei Medici. I disegni sono dovuti ad Andrea del Sarto ed a Raffaellino del Garbo. E' ammirevole sul cappuccio del piviale il quadro della Trasfigurazione. Solenne lo stemma del cardinale nel paliotto.

Nella Sala 9 sono custodite tre tele: L'Immacolata, un dipinto di scuola raffaellesca della fine del cinquecento di non identificata provenienza, l'Estasi di Santa Margherita, dipinto nel 1701 da Giuseppe Maria Crespi (1665 -1747) e proveniente dalla cappella Venuti di Santa Maria Nuova ed il Miracolo di Sant'Antonio da Padova di scuola veneziana del Piazzetta dipinto nel 1750 da Francesco Capella (1711-1774) e proveniente dalla chiesa di San Filippo.

Archivio della curia vescovile

L' Archivio della Curia Vescovile è allocato nel palazzo vescovile e raccoglie documenti fra i più antichi della storia religiosa e civile della città. Non essendo purtroppo ancora modernamente classificato e catalogato non riesce di facile consultazione per gli studiosi.